НДС - это модель 303, в ней указываются все коммерческие доходы и расходы (как с НДС, так и без НДС). В результате, при положительном балансе НДС необходимо будет до 20 числа следующего за окончанием квартала месяцем оплатить этот НДС, а в случае отрицательного - или оставить для зачета в будущие периоды, или запросить возврат. На будущие периоды можно переносить до 4 лет, потом эта переплата (когда расходов с ндс больше чем доходов с ндс) или сгорит, или можно запросить возврат. Все точно также, как и ООО.
Налог на доходы - это модель 130, туда заносятся все доходы и расходы за триместр. В расходы включаются также выплаты по соцстраху, кроме того, работающим из дома можно включать расходы на воду, свет, страховку квартиры, комунидад, в пропорции, соответствующей доле рабочего места в квартире (указывается в модели 036/037 при начале экономической активности как ИП).